L'émergence des IMFs a été surtout favorisée par la conjugaison des interventions de trois entités :

les Bailleurs de fonds : Banque Mondiale, Union Européenne, Agence Française de Développement, Coopération Allemande, Inter-coopération Suisse, ...

le Gouvernement au travers de sa politique en faveur de ce secteur avec le concours du financement de la Banque Mondiale à travers:

• le Projet d’Exécution PATFR/ADMMEC jusqu’en 1997
• puis le Projet MicroFinance (PMF) pour une phase de deux ans 1998-1999
• et l’AGEPMF : gestion du Programme MicroFinance planifié sur quinze ans dont le démarrage officiel a débuté en juin 1999

les agences d'Implantation et de développement ou opérateurs techniques spécialisés et qui ont assuré l'encadrement technique des IMFs. Il s'agit, entre autres, de Développement International Desjardins (DID),  Formation pour l'Epanouissement et le Renouveau de la Terre (FERT), Institut de Recherches et d’Applications des Méthodes de développement (IRAM), Centre International de Développement et de Recherche
Au cours de cette période, de nombreuses IMFs,  mutualistes ou non mutualistes, se sont créées à Madagascar.

Les IMFs Mutualistes qui se sont créées au cours de cette période sont :

• 1990 : Association d'Epargne et de Crédit Autogérée (AECA) dans la région de Marovoay appuyée par  le CIDR,
• 1993 :Caisses d’Epargne et de Crédit Agricole Mutuels (CECAM) dans la région du Vakinankaratra encadré par FERT,
• 1993 : Ombona Tahiry Ifampisamborana  Vola (OTIV) dans la région de Toamasina assisté par DID
• 1994 : Ombona Tahiry Ifampisamborana  Vola OTIV dans la région du Lac Alaotra assisté par DID
• 1995 : ADéFi à Antsirabe.
• 1996 : Tahiry Ifamonjena aminn’ny Vola (TIAVO). WOCCU était l'opérateur qui a lancé l'implantation initiale du Réseau TIAVO. Il a été ensuite relayé par l'IRAM à partir de l'année 1999.

OTIV et CECAM constituent les deux plus grands réseaux dans cette catégorie tant en termes de volume d'activités que de couverture géographique.

Dans la catégorie d’Institutions de Microfinance Non Mutualistes créées pendant cette période figurent :

• 1987 : Association pour la Promotion de l’Entreprise à Madagascar (APEM/PAIQ)  qui intervient par système de partenariat sur Antananarivo et Tuléar
• 1990 : Société d'Investissement pour la Promotion des Entreprises à Madagascar (SIPEM) s'installant à Antananarivo
• 1993 : VOLA MAHASOA appuyée par CIDR et  implantée dans la partie Sud de l'Ile
• 1990 : Entreprendre à Madagascar (EAM), initiée sous forme de projet au début mais transformée en Association de droit malgache en 1996,

La Caisse d’Epargne de Madagascar (CEM) est la plus ancienne Institution Financière qui pratique le volet épargne orientée vers les populations ayant des bas revenus.