Cette phase a été marquée par :

1.L’extension géographique et la consolidation des réseaux préexistants :

• AECA : extension du Réseau AECA à Ambato Boeni en 1998.
• CECAM : une première extension du réseau a eu lieu à partir de 1996 dans les Régions d'Amoron'i Mania, Vakinankaratra et Ivon'Imerina sur les Hautes Terres Centrales. Une deuxième extension en 1998 a permis au réseau de s'installer dans le Moyen Ouest (Bongolava et Itasy), le Nord Ouest (Sofia) et sur la Côte Ouest (Menabe) puis à Alaotra Mangoro et Analamanga.
• OTIV : extension des activités avec l'ouverture de nouvelles caisses dans la zone périurbaine de la capitale Antananarivo et du Nord Est (SAVA) en 1996, puis dans la zone urbaine d'Antananarivo en 2000.
• ADéFI : le réseau s'étend sur Antananarivo, Fianarantsoa, ambositra, Mahajanga et Toamasina
• TIAVO : redynamisation du réseau avec l'arrivée du nouvel opérateur IRAM en 1999 et extension du réseau dans le Sud Est à Manakara et Farafangana.
• EAM :  est un projet appuyé par le PNUD/BIT depuis 1990 et s'est transformé en Association en 1996.

2.L’arrivée de nouveaux acteurs sur le marché

Les dix dernières années ont été marquées par l’entrée de nouveaux acteurs sur le marché, principalement, les IMF non mutualises et les banques territoriales. On observe toutefois la création de deux nouvelles institutions mutualistes.

• IMF mutualistes :

2004 : Mutuelle du Mandrare (FIVOY) dans la Région de l’Anosy
2009 : Mutuelle d’Epargne et  de Credit de l’INSCAE (MECI) dans la capitale

• Les IMF non mutualistes :

2001 : Crédit Epargne Formation  (CEFOR) dans la zone urbaine de la capitale
2001 : Organisme Diocésain de DEveloppement Rural (ODDER) dans la Région d’Anosy
2001 : Vakinankaratra Tsimisaramianakavy (VATSY) dans la Région du Vakinankaratra notamment à Antsirabe et Betafo
2003 : MAHAVOTSE à Androy
2004 : SOAHITA dans la Région de l’Itasy
2005 :Tahiry Iombonan’ny Tantsaha Eto Madagasikara (TITEM) dans les Régions d’Itasy, Analamanga et Vakinankaratra
2006 : FANAMPIANA IVOARANA à Amoron'i Mania puis à Vakinankaratra
2006 : Première Agence de MicroFinance (PAMF)  à Analamanga puis à Itasy et Boeny
2008 : MAMPITA à Boeny, notamment dans la Commune Urbaine de Mahajanga
2009 : AGRICRED et  MAMELASOA dans la capitale
2009 : MUTUA FIDE à Mahajanga dans la Région Boeny
2011 : Organisation pour le Développement de la Région de Diego-Suarez (ODRD) à Antsiranana dans la Région DIANA

• Les Banques territoriales

2006 : MICROCRED dans les Régions d'Analamanga, Atsinanana, Itasy et Boeny
2007 : ACCESBANQUE MADAGASCAR dans la capitale puis à Antsirabe et Ambatolampy dans la Région du Vakinankaratra

3.La mise en place de la Cellule de Coordination Nationale de la MicroFinance (CNMF) et l'élaboration du Document de Stratégie Nationale de MicroFinance (DSNMF)

De concert avec tous les acteurs et intervenants du secteur, la Cellule de Coordination Nationale de MicroFinance - entité rattachée au Ministère des Finances et du Budget, mise en place en décembre 2003 - a validé lors d'un atelier en Avril 2004 le Document de Stratégie Nationale de MicroFinance à Madagascar. Ce document a eu l'approbation du Gouvernement en juin 2004. Ce même document a été révisé et aligné au MAP en octobre 2007. Pour lire en intégralité le DSNMF (2004-2009)

La version révisée du DSNMF (2008-2012) alignée au MAP a été approuvée par le Conseil du Gouvernement le 11 novembre 2008.

4.La nouvelle loi relative à l'activité et au contrôle des Institutions de MicroFinance

Il s'agit de la loi N° 2005-016 du 29 septembre 2005 suivie du décret  d'application N° 2007-012 fixant les formes juridiques des IMF et les modalités de leur immatriculation au Registre du Commerce des Sociétés et du décret d'application N° 2007-013 portant fixation du capital minimum des établissements de crédit et de la valeur nominale des titres de participation.

• Classification des IMF en trois niveaux

En son chapitre premier, articles 13 à 17 , cette loi prévoient la classification des institutions de microfinance mutualistes ou non mutualistes en trois niveaux selon les opérations qui leur sont autorisées, la structure de fonctionnement et de contrôle, l'importance des risques liés aux activités de microfinance, les règles de gestion et/ou les normes de prudence exigées.

• Mise en place de l’APIMF.

En outre,  les articles 61 à 66 la loi 2005 - 016, Chapitre IV énoncent la mise en place d’une association professionnelle unique dénommée « Association Professionnelle des Institution de Microfinance (APIMF) ». En effet, avant l’APIMF deux associations professionnelles coexistaient, l’APIFM qui regroupait les IMF mutualistes et l’AIM dont les membres étaient des IMF non mutualistes et les autres entités (Banques, associations, ONG,..) ayant effectué des activités de microfinance.